2018 年 9 月 28 日上午，随着妈湾站铺轨基地的工人操作龙门吊将首节 25 米长的轨排顺利下井，完成首节轨排的铺设任务，由深圳地铁集团建设管理、中铁上海工程局承建的深圳地铁地铁 5、9 号线二期铺轨工程正式开工建设，标志着深圳地铁三期二阶段 “ 保开通大会战 ” 进入全面冲刺阶段。地铁三期二阶段 206 个工点正在施工据了解，深圳地铁三期二阶段建设工程 6、8、10 号线及延长线共约 206 个工点、128 公里的线路正在火热建设中，部分线路更是比原计划提前完成既定节点目标，计划 2020 年陆续建成通车。
目前，深圳地铁三期二阶段目前主要在进行车站主体结构施工及区间盾构施工。三期二阶段车站共 87 座，已封顶 58 座，正在施工 29 座，封顶比例 66.7%；车站主体结构完成 80.4%，在建线路盾构及 TBM 区间总数为 114 个，目前已贯通 52 个，区间隧道完成 67.1%。 根据建设计划目标，2019 年具备通车条件的线路为 5 号线二期和 9 号线二期，目前 2 号线三期、5 号线二期及 9 号线二期均已进入站后工程施工（包括附属结构、常规安装装修、系统设备安装等工程）；三期二阶段共计 608 个附属结构（包含各类出入口、风井、疏散楼梯、下沉广场、消防电梯口等），目前已完成施工 48 个，正在施工 83 个，477 个将陆续开始施工。 地铁 5、9 号线二期工程率先进入铺轨阶段 深圳地铁集团建设总部相关负责人表示，深圳地铁 5、9 号线二期工程是深圳地铁三期二阶段最先进入铺轨阶段的线路，同时也是 2019 年年底首批具备通车条件的两条延长线。
地铁 5 号线南延线南起赤湾站，北至既有 5 号线起点前海湾站南端，共设 7 座车站其中换乘站 3 座，线路全长 7.65 公里；9 号线西延线东起 9 号线红树湾站，由深圳湾总部基地片区至前海深港合作区，全长约为 10.79 公里，共设 10 座车站，其中 5 座换乘车站。两条线均采用地下敷设方式。 目前，地铁 5、9 号线二期轨道工程共设四处铺轨基地，分别是笔架山停车场铺轨基地、前湾站铺轨基地、妈湾站铺轨基地和南山书城站铺轨基地。 深圳地铁建设总部负责人表示，深圳地铁 5、9 号线二期工程按计划将在 2019 年年底具备通车条件。建成开通后，5 号线南延线和 9 号线西延线将前海合作区、蛇口自贸新城与市中心串联成一体，将给经济发展带来新增长点的前海合作区给予极大的交通支持。
