1996
9月，经国家科委批准，以深圳科技工业园为基础，整合中国科技开发院、深圳市高新技术工业村等产业园区，成立深圳市高新技术产业园区。
1997
7月1日，凌晨，南山全区数千名干部群众在妈湾港和深圳直升机场，冒雨欢送中国人民解放军驻香港部队舰艇大队和航空兵团官兵进驻香港。
1998
5月8日，南山区被文化部授予“全国文化先进区”称号。
1999
10月，滨海大道竣工通车。
2000
8月，深圳大学城开始创建，是中国唯一经教育部批准，由地方政府联合著名大学共同创办、以培养全日制研究生为主的研究生院群。
2001
4月起，文物部门对西丽街道福光社区屋背岭商代遗址实施发掘，该遗址被评为2001年“全国十大考古新发现”。
2002
1月25日，南山区通过广东省政府教育强区评估验收，成为全省第一个教育强区。
2003
12月，朗科公司推出世界第一款“用于数据处理系统的快闪电子式外存储方法及其装置”（俗称“U盘”），填补中国在计算机存储领域的发明专利空白。
