2004
12月28日，深圳地铁1号线通车试运营，南山进入地铁时代。
2005
2005，南山区GDP突破千亿元，达1136.39亿元。
2006
9月1日，南山区设立科学技术奖，重奖民营中小企业自主创新项目和技术发明突出贡献项目。
2007
7月1日，深圳湾口岸开通，国家主席、中央军委主席胡锦涛出席开通仪式，并为口岸开通剪彩。该口岸是我国首个采用“一地两检”的陆路口岸。
2008
10月18日，国务院正式批复同意设立前海湾保税港区。
2009
4月20日，南山入选全国首批知识产权强区。
2010
9月6日，深圳经济特区成立30周年庆祝大会在深圳大学城举行，国家主席、中央军委主席胡锦涛出席。
2011
12月20日，广东省最大城中村改造项目、深圳市“十二五”期间五大标志性城市更新项目之一的大冲旧改项目举行奠基典礼。
2012
4月16日，教育部批复同意成立南方科技大学。
2013
2013，南山区GDP达3206.97亿元，在全省区县中排名第一。
2014
1月6日，中共南山区委、南山区人民政府印发《关于加快现代服务业发展的若干措施》，推动产业转型升级，建设现代服务业发展样板区。
2015
4月27日，中国（广东）自由贸易试验区深圳前海蛇口片区挂牌，规划面积28.2平方公里。
2016
10月31日，蛇口太子湾邮轮母港（又名蛇口邮轮中心）正式启用。
2017
7月3日，深圳湾滨海休闲带西段正式对外开放，标志着深圳湾滨海休闲带全线贯通。
11月1日，全国首个以“人才”命名的主题公园——深圳人才公园建成开园。
2018
10月24日，国家主席、中央军委主席考察调研广东自由贸易试验区深圳前海蛇口片区。
